La Cattedrale Ipogea è un ecomuseo, racconta e valorizza la storia di un luogo e di una comunità che lo ha creato e animato nel corso dei secoli, con due focus principali: le attività di estrazione del “tufo” (come viene chiamata in siciliano la calcarenite) ad opera dei “pirriaturi” (minatori in siciliano) nel sottosuolo dell’isola e la vita sottomarina lungo le coste e nei fondali di Favignana.